一、经财政部和国家税务总局批准的总机构试点纳税人，及其分支机构按照本办法的规定计算缴纳增值税。
二、总机构应当汇总计算总机构以及其分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的应交增值税,分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务已缴纳的增值税和营业税税款后，在总机构所在地解缴入库。总机构销售货物、提供加工修理修配劳务，按照增值税暂行条例及相关规定申报缴纳增值税。
三、总机构的汇总应征增值税销售额由以下两部分组成：
（一）总机构及其试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的应征增值税销售额；
（二）非试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的销售额。计算公式如下：
销售额＝应税服务的营业额÷（1＋增值税适用税率）
应税服务的营业额，是指非试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的营业额。增值税适用税率，是指《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》（以下简称《试点实施办法》）规定的增值税适用税率。
四、总机构汇总的销项税额，按照本办法第三条规定的应征增值税销售额和《试点实施办法》规定的增值税适用税率计算。
五、总机构汇总的进项税额，是指总机构及其分支机构因发生《应税服务范围注释》所列业务而购进货物或者接受加工修理修配劳务和应税服务，支付或者负担的增值税税额。总机构及其分支机构用于发生《应税服务范围注释》所列业务之外的进项税额不得汇总。
六、试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务，按照应征增值税销售额和预征率计算缴纳增值税。计算公式如下：
应缴纳的增值税＝应征增值税销售额×预征率
预征率由财政部和国家税务总局规定，并适时予以调整。
试点地区分支机构和非试点地区分支机构销售货物、提供加工修理修配劳务，按照增值税暂行条例及相关规定就地申报缴纳增值税；非试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务，按照现行规定申报缴纳营业税。
七、分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务当期已缴纳的增值税和营业税税款，允许在总机构当期增值税应纳税额中抵减，抵减不完的，可以结转下期继续抵减。
八、总机构以及试点地区分支机构的其他增值税涉税事项，按照《财政部 国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》（财税[2011]111号）及其他增值税有关政策执行。
九、总分机构试点纳税人增值税具体管理办法由国家税务总局另行制定。
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常见法律问题
总分机构试点纳税人如何计算缴纳增值税？
总分机构试点纳税人计算缴纳增值税遵循汇总纳税原则，总机构需汇总两部分应征增值税销售额：一是总机构及其试点地区分支机构发生应税服务业务的销售额，二是非试点地区分支机构的销售额，后者按营业额除以（1+增值税适用税率）换算为不含税销售额。总机构汇总销项税额等于汇总销售额乘以适用税率，汇总进项税额则为总机构及分支机构因应税服务业务购进货物或接受劳务支付的增值税额，但用于非应税服务的进项不得纳入汇总范围。试点地区分支机构按应征增值税销售额乘以预征率就地预缴增值税，总机构将汇总应纳税额减去分支机构已缴税款后，在总机构所在地解缴入库。实务操作中，企业需建立内部台账记录各分支机构预缴情况，确保抵减准确；风险提示在于，若分支机构未及时预缴，总机构可能无法获得抵减凭证，导致重复纳税；常见争议聚焦于非试点地区分支机构销售额换算时适用税率是否正确、预征率调整是否及时适用，以及进项税额汇总范围的界定，尤其是用于混合业务的进项税额分配问题。建议企业定期与分支机构核对数据，完善税务管理制度，防范税务机关对关联交易的核查风险。
分支机构已缴纳的增值税和营业税如何处理？
分支机构发生应税服务业务当期已缴纳的增值税和营业税税款，允许在总机构当期增值税应纳税额中全额抵减，抵减不完的部分可以结转下期继续抵减。这一机制通过税款抵减避免总分机构间重复纳税，实现税负公平。实务操作中，总机构必须取得分支机构已缴税款的完税凭证或缴款书作为抵减依据，且抵减仅限于分支机构因应税服务业务缴纳的税款，若分支机构同时涉及销售货物等非应税服务业务，其缴纳的增值税不得在汇总应纳税额中抵减。风险提示：若分支机构未按时申报缴纳，总机构无法获得抵减凭证，将导致税负增加；跨期抵减时，若总机构当期应纳税额为负数，按规定可结转下期，但申报表填写需注意技术细节。常见争议包括：抵减顺序问题，即分支机构预缴税款能否优先于其他应纳税额抵减，实务中通常按当期实际缴纳数抵减；以及已缴营业税改征增值税后，原先的营业税税款如何换算抵减，需注意营业税与增值税计税基础不同，可能产生差异。企业应建立分支机构税款台账，定期对账，保留完税凭证，以备税务核查，尤其关注多缴或退税时的调整处理。
非试点地区分支机构如何计算应税服务销售额？
非试点地区分支机构发生应税服务业务的销售额，按照其应税服务的营业额除以（1+增值税适用税率）计算，其中营业额是指分支机构实际取得的全部价款和价外费用，增值税适用税率根据《应税服务范围注释》对应业务确定，如交通运输业适用11%税率，现代服务业适用6%税率。这一换算公式旨在将营业税含税收入转换为增值税不含税销售额，以便总机构统一汇总。实务操作中，非试点地区分支机构需准确确认营业额，注意区分应税服务与免税服务、非应税服务，避免将免税收入或代收代付费用错误计入。风险提示：若适用税率错误，将导致汇总销售额计算偏差，进而影响总机构应纳税额；此外，若分支机构同时提供多种服务且未分别核算，可能从高适用税率或无法享受优惠。常见争议聚焦于：营业额是否包含免税收入？根据规定，免税服务不产生销项税，但总机构汇总时需单独核算，避免混淆；以及非试点地区分支机构在营改增过渡期仍需按原营业税申报，但总机构需按增值税规则换算，双方口径不一致时可能引发税务调整。建议企业统一培训分支机构，确保营业额数据准确，并关注税率调整及时更新计算规则，建立内部核对机制降低风险。
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